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5 mai 2015 2 05 /05 /mai /2015 08:08

Les terminales ayant choisi l'option biologie en accompagnement personnalisé sont allés tester leur génome dans un labo à l'UNIGE et ont pu rencontrer Manuel Gonzales, chercheur en microbiologie.

Ils vous présenteront prochainement leur travail (et leur génotype) et vous expliqueront l'intérêt des recherches menées à Genève sur la bactérie pseudomonas aeruginosa, une bactérie à l'origine de nombreuses infections en milieu hospitalier dont la résistance aux antibiotiques est augmentée en présence de certains métaux comme le zinc (présent notamment dans les cathéters urinaires). Danger !

A suivre de près...

Manuel Gonzales explique son travail de chercheur à l'Unité de microbiologie de l'UNIGE

Manuel Gonzales explique son travail de chercheur à l'Unité de microbiologie de l'UNIGE

Cultures de bactéries en flacon...

Cultures de bactéries en flacon...

... dans des boîtes de Pétri... Pas forcément glamour, le métier de chercheur.

... dans des boîtes de Pétri... Pas forcément glamour, le métier de chercheur.

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24 février 2015 2 24 /02 /février /2015 16:03

Faisant suite à la grande journée « Change pour ton climat ! » du vendredi 16 janvier durant laquelle de nombreuses animations avaient été organisées par et pour les élèves (vente de livres et de vêtements d’occasion, discussions, conférences sur le climat…) la Cité Scolaire Internationale de Ferney-Voltaire a organisé du 1er au 7 février la 5ème mobilité du projet COMENIUS « Our World, Our Future » consacré à l’énergie et au développement durable.

IMG 20150204 101121-copie-1IMG_20150204_101133.jpg

28 élèves de 12 à 19 ans et 11 professeurs étrangers, venus d’Italie, de Hongrie, de Pologne, de Norvège et du Royaume Uni ont été reçus.

Le programme, centré sur le changement climatique,  a alterné phases de travail collectif et sorties sur le terrain (notamment à Chamonix pour y observer et comprendre les effets du réchauffement du climat sur les glaciers). Le siège de l’ONU à Genève a également été visité.

IMG_20150204_095839.jpgIMG_20150204_100043.jpg

Les élèves ont constitué 6 commissions de travail (de 6 à 8 membres) pour prendre part à une simulation parlementaire le dernier jour dans la salle de conférence, calquée sur le fonctionnement du Parlement Européen à Strasbourg

Les commissions ont été les suivantes:
ENVI pour environnement, EMPL pour emploi, TRAN pour transports et tourisme,  LIBE pour libertés, REGI pour développement régional, ITRE pour industries et R&D (recherche de développement)

IMG_20150204_094501.jpgIMG_20150206_134408.jpg

IMG_20150206_142402.jpgIMG_20150206_153848.jpg

Les discussions ont été très animées (in English, of course). Tous les élèves ont joué le jeu en se mettant pour quelques heures dans la peau de parlementaires européens bien décidés à faire passer leurs propositions devant une assemblée constituée pour l’occasion d’adolescents acteurs de ce monde. Bravo à eux.

IMG_20150206_154111.jpgIMG_20150204_094725.jpg

Une dernière mobilité pour le projet est prévue en Hongrie au mois d'avril

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6 février 2015 5 06 /02 /février /2015 07:31

Le thème : “ HUMAINS

Cette année, n'hésitez pas à laisser libre cours à

votre imagination et à votre créativité pour une

mise en scène originale autour du thème "Humains"

Retour de vos photos (3 maximum) sur clé USB

 

avant le 11 mars auprès de

 

M Bergmann ou Mme de La Bourdonnaye ou par envoi

mail au “ clubphotoferney@yahoo.fr “ avec votre

nom, prénom, classe et commentaires.

Bon concours !

 

http://mappingignorance.org/fx/media/2014/05/The-Twilight-of-the-Neanderthals.jpg

 

photo :  Homo neanderthalensis par John Gurche, David H. Koch Hall of Human Origins (Smithsonian Museum)

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28 janvier 2015 3 28 /01 /janvier /2015 11:43

decopartners

 

La semaine du 2 au 6 février 2015, la cité scolaire internationale de Ferney Voltaire accueillera les élèves (de 12 à 19 ans) et les professeurs impliqués dans le projet Comenius. Des délégations d’Angleterre, de Pologne, de Hongrie, d’Italie et de Norvège se réuniront durant la semaine pour travailler ensemble sur le changement climatique.

L’objectif sera de présenter une simulation parlementaire qui aura lieu le vendredi et d’en faire ressortir des résolutions autour de six thématiques : l’environnement, l’emploi, le transport, les libertés, le développement régional et l’industrie et la R&D. Ainsi les élèves seront actifs et ce sera également pour eux l’occasion de réfléchir aux enjeux de la démocratie et de la citoyenneté européenne. Trois sorties (aux Rousses, à Chamonix et à l’ONU) seront également encadrées par les professeurs afin de mieux réaliser l’impact du changement climatique pour nos sociétés, à toutes les échelles.

 

Félicitations à la trentaine d’élèves de la cité scolaire (collège et lycée confondus) pour leur implication et leur participation à ces journées de travail. Grand merci aux familles qui accueilleront les élèves des différentes écoles européennes participant au projet.

 

Plus d'infos en cliquant sur le lien ci-dessous :

 

cropped-bandeaudiary3

 

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8 décembre 2014 1 08 /12 /décembre /2014 16:21

 par Sarah Bernaudin, Lucas Chaleyssin, Manon Eck et Mohamed Ndoye

 

On appelle antigène toute substance étrangère à l'organisme capable de déclencher une réponse immunitaire visant à l'éliminer. On trouve ces antigènes à la surface des bactéries ou des virus. Il s'agit le plus souvent de protéines ou de peptides (fragments de protéines) qui sont reconnus de manière spécifique par des anticorps. Un anticorps est une protéine capable de reconnaître de manière spécifique un antigène particulier. Les anticorps sont produits par les lymphocytes B qui jouent un rôle important dans le système immunitaire.

 

schema-anticorps-2.JPG

Dessin montrant la reconnaissance d’un antigène par un anticorps d’un lymphocyte B.

 

Le test ELISA (Enzyme-Linked Immuno Assay) permet de détecter la présence d’un anticorps spécifique dans un échantillon de sang. Ici nous allons tester le sang de deux patients pour savoir s’ils ont été en contact avec le VIH, et donc s’ils présentent les anticorps spécifiques au VIH. Le terme VIH désigne le Virus de l’Immunodéficience Humaine. Lorsqu’une personne est infectée par ce virus, celui-ci va détruire progressivement certaines cellules qui coordonnent l’immunité (c’est-à-dire les défenses de l’organisme contre les microbes).

 

Le test réalisé est le suivant :

 

étape 1 

Fixation de l’antigène : L’antigène connu (fragment du VIH), spécifique à l’anticorps du VIH, est déposé au fond d’un puits. L’antigène se fixe de manière électrostatique. Les puits sont ensuite lavés pour enlever les antigènes non fixés.

 

 

 

 

etape-2.JPG

  

Fixation de l’anticorps à doser : On dépose notre échantillon à doser (sérum contenant ou non l’anticorps), ainsi que nos standards (solution contenant des concentrations connues d’anticorps) dans différents puits remplis d’antigènes. Les anticorps spécifiques dit anticorps primaires, s’ils sont présents, vont se fixer aux antigènes. Un lavage des puits est nécessaire pour enlever les anticorps non fixés

 

 

  

etape-3.JPG

Fixation de l’anticorps secondaire : On dépose ensuite un anticorps secondaire couplé à une peroxydase (enzyme qui transforme une molécule, le TMB, en produit coloré). C’est l’anticorps secondaire qui va reconnaître l’anticorps primaire. Un lavage des puits est nécessaire pour enlever les anticorps secondaires non fixés





 

étape 4

Révélation : On dépose le TMB spécifique à l’enzyme peroxydase. Si la réaction est positive (présence de l’anticorps recherché, ceux du VIH), le TMB va être transformé et induire une coloration bleue. Ainsi on saura que le patient est porteur du VIH car il présente des anticorps contre cette maladie. Il est séropositif. Au contraire si la solution reste incolore le patient n’est pas atteint du VIH.

 

 

 

 

L’intensité de la coloration est proportionnelle à la quantité d’enzyme présente et donc à la concentration d’anticorps recherchés.Plus la coloration est bleue est plus le patient présente d’anticorps.

 

Résultat 1 : L’échantillon du patient 1 n’est pas coloré.

L’anticorps secondaire qui possède l’enzyme peroxydase n’est pas présent, ce qui veut dire qu’il n’y a pas d’anticorps primaires, car les anticorps primaires permettent aux anticorps secondaires de se fixer. On peut donc en conclure qu’il n’y a pas d’anticorps primaires compatibles avec ces antigènes dans le plasma testé. L’individu 1 n’a donc pas été en contact avec l’antigène, il n est donc pas séropositif (séro=sérum qui signifie plasma).

 

test-4.JPG

 

Résultat 2 : L’échantillon du patient 2 est coloré en bleu.

La couleur est bleue, cela veut dire que l’anticorps secondaire possédant l’enzyme peroxydase est présent. Ainsi le TMB s’est transformé en molécule bleue. Or les anticorps secondaires ont besoin de se fixer sur les anticorps primaires pour agir. Donc il y a des anticorps primaires compatibles avec les antigènes dans le plasma. Donc l’individu 2 a été en contact avec l’antigène et donc séropositif.

Test-3.JPG Illustrations : BiOutils

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28 novembre 2014 5 28 /11 /novembre /2014 16:56

par Katerina Foka Sandoval et Valentin Gobert

 

NEW ! Improve your english

For the english version; have a look below.


Qu’est ce que la syphilis ?

La syphilis est une maladie vénérienne (sexuellement transmissible), qui peux être mortelle, causée par le Treponema pallidum ou tréponème.

La faculté du tréponème à modifier sa surface le rend difficile à combattre pour le système immunitaire qui peine à le reconnaître. Le détecter rapidement pour pouvoir traiter les patients devient alors primordial.

image-1.JPG

Le treponema pallidum

 

La fonction des anticorps :

Les anticorps produits par des cellules du système immunitaire (lymphocytes B) possèdent des parties variables qui leur permettent de reconnaître les corps étrangers, ou antigènes, comme les protéines de surface du tréponème, et s’y fixer (fig.1).

image 4figure 1

 

L’utilisation des anticorps dans le cas de l’immunofluorescence :

En laboratoire, les anticorps utilisés pour reconnaître les antigènes (par exemple les bactéries) sont appelés anticorps primaires.

On ajoute en plus des anticorps secondaires munis d’un composé fluorescent qui permet de le visualiser sous UV. Ces derniers se fixent sur l’anticorps primaire (voir fig 2 et fig.3) ce qui permet de mettre en lumière le composant étudié.

Cette technique peut être utilisée pour différentes bactéries si on possède les anticorps spécifiques capable de détecter leurs antigènes.

image 3image 5

Figure 2                                                      Figure 3 

La visualisation du tréponème au microscope.

Le microscope à fluorescence est composé d’une lampe à arc qui émet une lumière qui, après avoir été filtrée, produit des UV. Les UV vont être projetés sur l’échantillon qui va être excité et les composés fluorescents de l’échantillon vont émettre de la lumière. Celui-ci sera donc plus visible au microscope.

image 6

Le microscope à fluorescence : 1.Lampe à arc 2.Filtre d’excitation 3.Miroir dichroïque 4.Objectif 5.Préparation 6.Filtre d’émission 7.Oculaire 

 

La visualisation du Tréponème peut se faire avec la technique présentée au-dessus, c’est à dire que nous prélevons le sérum d’un patient pour vérifier s'il contient ou non les anticorps spécifiques de la bactérie. Par la suite nous introduisons les anticorps secondaires qui vont venir se fixer sur les anticorps primaires. Ces anticorps secondaires portent une partie fluorescente.

Le mécanisme du microscope à fluorescence permet alors de visualiser les bactéries ainsi que d’estimer leur nombre et donc de conclure sur l’état de santé de la personne. Dans la photo, les tréponèmes sont bien visibles, et le patient à intérêt a se soigner !

IFT Helico 03[1]

Et comme l’a si bien dit Sarah lors de notre visite à l’UNIGE, l’oeil collé à l’oculaire du microscope à fluorescence : « Whaouh, c’est trop stylé ! » 

Crédit photos: BIOutils 

 

 

 

 

Syphilis detection through the immunofluorescence technique

 

English version - Translation by Katerina Foka

 

What is syphilis ?

Syphilis is a venereal disease (sexually transmitted), that can result in death in some cases. It is induced by the bacteria Treponema pallidum also calledTreponem.

The ability it has of modifying its surface continually makes it very difficult to fight for the immune system which has some trouble recognizing it.
A fast detection method becomes essential, the patients needing to be treated as soon as possible.

 

The functions of antibodies:

The antibodies produced by the immune system’s cells (B lymphocytes) have two changing parts which allow them to recognize elements from foreign bodies, called antigens, like the surface proteins of the Treponem, and attach to it. (see fig.1).

 

The use of antibodies in immunofluorescence :

In a lab, the antibodies used to recognize different antigens (like the ones from bacteria) are called primary antibodies.

Once the primary ones have attached to the antigens the secondary antibodies who have a fluorescent component are added, this allows UV visualization later. The second antibodies are formatted to detect the first ones and attach to them (see fig.3) this is what helps shed light, quite literally, on the studied components.

This technique can be used to detect different bacteria if one has access to the specific antibodies capable of detecting their antigen.

 

Microscopic visualization of the treponem:

The fluorescence microscope is made up from a lamp whose filtered light produces UVs. These will then be projected on to the sample, The fluorescent components (which react to UV’s) will get excited and produce a visible light that can be observed through the lens. The bacteria are then visible.

Visualizing the Treponem can be achieved through this technique, the serum of the patient has first to be extracted. The secondary antibodies will then be introduced and attach to the primary ones created by the patients immune system. The secondary ones carry a fluorescent part.
The fluorescent’s microscope mechanism allows to visualize the bacteria and to estimate their number, and thus to determine the health state of the patient. In the picture above, the bacteria are well visible, and the patient should be treated fast !

 

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10 novembre 2014 1 10 /11 /novembre /2014 12:41

L'équipe d'AP de terminale est partie à la chasse aux pathogènes à l'Université de Genève.

 

IMG_3629-copie-1.JPG            IMG_3666-copie-1.JPG

A l'écoute des consignes de travail...  Observation à l'aide du microscope à fluorescence...    

IMG_3651.JPG 

Visite du labo de microbiologie. Explications de Karl Perron...

 IMG 3662

Manu, post-doc, présente avec passion son sujet de recherche.

 

Vous comprendrez prochainement comment il est possible de détecter la présence des pathogènes dans le corps par l'identification  des anticorps dans le plasma sanguin.

Deux techniques testées et approuvées dans les labos seront décrites:  

- Le Test ELISA (rien à voir avec la chanson)

- La technique d'immunofluroescence

Une mise évidence toute en couleur !

 

Des treponema pallidum fluorescents...

IFT Helico 03[1]

... c'est très joli mais ça sert à Quoi ?

 

Des réactions enzymatiques colorées...

tmb-results-1-.jpg

... ça sert à Quoi ? 

La réponse bientôt en ligne...

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25 septembre 2014 4 25 /09 /septembre /2014 09:11

Des virus dit émergents font régulièrement la une des médias. En 2009, la grippe porcine fait son apparition au Mexique et sa propagation est si rapide que, quelques mois après, l’OMS déclare l’état de pandémie. En 2012, c’est le coronavirus qui fait parler de lui au Moyen-Orient. En 2014, le virus Chikungunya s’étend en Amérique centrale, tandis qu’Ebola fait des ravages en Afrique et la Dengue en Asie et ailleurs. Les exemples sont nombreux et ces nouveaux virus sont souvent décrits comme dangereux et incontrôlables.
Représentent-ils une véritable menace?
Faut-il craindre des virus qui voyageraient en quelques jours d’un continent à l’autre?

Le 18 septembre 2014, le Professeur Laurent Kaiser de la Faculté de médecine de Genève a donné une conférence sur ces "virus sans frontières".

Cette conférence décrit les bases biologiques et scientifiques pouvant mener à l’apparition de nouveaux virus, vecteurs potentiels d’épidémies humaines.

Elle est consultable en ligne en cliquant sur l'affiche ci-dessous.

Inspirés par cette conférence, les élèves d'AP de Terminale S travailleront sur ce thème ce semestre et mettront en ligne leurs articles au fur et à mesure de leur avancement.

En attendant, pour en savoir plus sur les virus et leurs dangers, cliquez donc sur le lien ci-dessous.

Public560x200-JourneesMicrobio-2014

 

 

 

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17 juin 2014 2 17 /06 /juin /2014 08:28

anaya

 

"Je m’appelle Anaya et j’ai 12 ans. Je participe au club recyclage dans mon collège ou nous prenons des déchets et nous les recyclons en fabriquant de nouveaux objets. Nous faisons des choses comme : des colliers, des paniers, du papier fait maison, des habits ou encore des boucles d’oreilles. Je trouve ça une excellente expérience : c’est amusant et nous trouvons plein d’idées pour être plus éco-responsables. J’ai été choisie pour aller en Pologne et j’ai rencontré plein de nouvelles personnes qui s’intéressaient également à ça et j’ai vu les activités de recyclage qu’ils faisaient dans leurs écoles. Ce voyage m’a donné plein de nouvelles idées à propos du recyclage, je me suis aussi rendu compte de pourquoi il faut mieux s’occuper de notre planète et lui venir en aide."

 

"Je m'appelle Morgane je suis en seconde et je fais partie des Ecos delégués. Plusieurs ateliers sont présentés comme le recyclage des livres, un potager ou faire des affiches pour les classes.
Ma motivation a été avant tout de participer à une rencontre avec des élèves du lycée qui ne sous-estiment pas cette cause du recyclage. Il y avait aussi une envie ďune approche plus simple pour sensibiler les jeunes.
Tout au long de cette année scolaire je me suis impliquée différemment dans le lycée car j'ai été dans ľatelier recyclage et dans celui des livres. J'ai eu la chance de participer au projet Comenius qui m'a permis de rencontrer ďautres élèves de différents pays (avec qui je reste aujourďhui en contact) et de voir comment ils travaillent dans leurs écoles. Ce voyage m'a beaucoup apporté en idées et en amitié.

Je continuerai à la maison comme je ľai fait jusqu'ici, et j'espère vous aussi, en pensant à éteindre la lumière et les appareils au lieu de les laisser en veille, en pensant à trier le verre, le plastique etc et en NE GASPILLANT PAS ĽEAU!!!

Au lycée vous pouvez toujours faire un petit geste en jetant les papiers dans les bacs prévus et surtout ne pas prendre la nourriture que vous êtes sûrs de ne pas manger!!!"

 

morgane.jpg

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12 juin 2014 4 12 /06 /juin /2014 13:24

Détermination de la sensibilité à l’amertume : le verdict.

 Par Zuzana Senajova, Loïc Genneret, Vanessa Parisi et Océane Lataste

 Nous sommes retournés à l’UNIGE pour analyser notre ADN et comprendre si nous sommes génétiquement disposés à ressentir la sensation amère par nos bourgeons du goût.

Protocole :

On prélève tout d’abord des cellules épithéliales de la bouche à l’aide d’un coton tige stérile pour les introduire dans un tube Eppendorf.

Après préparation du prélèvement dans un milieu approprié permettant la sortie de l’ADN des cellules qui le contenaient précédemment, il s’agit de le placer dans la machine à PCR (un thermocycleur) pour amplifier l’ADN qui est alors sous la forme d’un fragment de 221 paires de bases.

Par la suite, on ajoute une enzyme de restriction pour faire une digestion du produit PCR. L’enzyme reconnaît la combinaison GGCC autour de la 44ème paire de base (en rouge) – combinaison présente uniquement sur l’allèle « sensible » (dominant) - la coupure du fragment se fait entre « G » et « C ». L’ADN est alors décomposé en deux séquences, l’une comptant les 44 premières paires et l’autre les 177 paires restantes. Le test sur un individu non sensible homozygote n’entraîne pas une division du fragment car l’ADN recueilli n’a pas de site de restriction propre à l’enzyme utilisée. La sensibilité à l’amertume est donc corrélée à la reconnaissance et à la coupure du brin d’ADN.

On place désormais l’ADN digéré dans une préparation de gel d’agarose pour pratiquer une électrophorèse. En fonction de leur taille les fragments d’ADN migrent plus ou moins vite vers le pôle +.

Le gel est placé sous un révélateur à UV. Les fragments apparaissent, selon leur taille, plus ou moins haut sur la photographie prise par la machine.

Il est alors possible de conclure sur la sensibilité à l’amertume par observation de l’image.

Une juxtaposition de fragments de 221 et 177 paires de bases est caractéristique d’un individu hétérozygote (voir figure 1). Il faut préciser que le fragment comptant les 44 premières paires de bases n’apparaît pas bien du fait de sa taille. La présence d’un unique fragment à 221 pb est caractéristique d’un individu homozygote récessif et non sensible à l’amertume (figure 2).

Au contraire, un fragment à 177 pb concerne un individu homozygote dominant et sensible (figure 3).

 

Figure 1 Hétérozygote sensible :

Les barres colorées représentent les chromosomes homologues. Le trait noir est le site de restriction.

La bande correspondant au  fragment de 44 pb est peu visible sur les gels d'électrophorèse.

2eme schema ret-copie-1

Figure 2 Homozygote non sensible : 1er-schema-ret-copie-1.JPG


Figure 3 Homozygote sensible :

3eme-schema-ret.JPG

 

Voici les résultats obtenus après migration de l’ADN par électrophorèse pour les différents élèves testés :


resultat-electrophorese.JPG

Légende des dépôts :

M = marqueur (il sert d’échelle pour le nombre de paires de base)

1 = Mathieu

2 = Marina

3 = Vanessa

4 = Loïc

5 = Alexandre

6 = Océane

7 = Contrôle négatif

 

Analyse des résultats et conclusion :

 

Suivant la hauteur à laquelle a migré l’ADN ainis que le nombre de fragments pour chaque individu, on peut déterminer sa sensibilité ou non à l’amertume


Nous pouvons ainisdire que Mathieu (1) est homozygote pour le gène de l’amertume étudié et est insensible à celle-ci. Il en est de même pour Océane (6).

 

On observe que pour Marina (2), Alexandre (5) et Vanessa (3) il y a les deux bandes correspondantes ( 221, 177 pb - bande 44 pb non visible). Ils sont donc hétérozygotes pour le gène de l’amertume et la ressentent.

 

Nous constatons aussi qu’il n’y a aucune personne qui est homozygote sensible à l’amertume.

 

Nous remarquons que Loïc ( 4 ) ne possède aucune bande sur le résultat de l’électrophorèse. N’a t-il pas d’ADN ? Est il un robot ? Ou bien s’agit une simple erreur lors du dépôt ?

Affaire à suivre...

 

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